Rommelova ofenziva ostavila je krv i pustoš po Istri, zločin rijetko zapisan u analima Drugog svjetskog rata. Oko 2.500 istarskih boraca je poginulo, a tisuće civila ubijeno je ili odvedeno u logore. Sve tri novoosnovane istarske brigade prestale su postojati. I pored svega toga, NOP u Istri brzo se oporavio.
Na vijest o padu Mussolinija počinje masovni ustanak naroda u Istri, što je kulminiralo kapitulacijom Italije. Oko sto tisuća ljudi razoružali su talijansku diviziju „Sforceska“ iz 23. korpusa i prolazeće dijelove 5. i 11. talijanskog korpusa iz Gorskog kotara i Hrvatskog primorja. Skoro cijela Istra bila je slobodna, osim Pule, Vodnjana, Brijuna, Kopra i Izole. Zbačena je talijanska okupacijska vlast koja je Istrom harala 23 godine.
Kroz ustanak u Istri osnivaju se prvi istarski partizanski sustavi, najprije čete i bataljuni. Formirano je 15 ustaničkih bataljuna (a to je snaga od pet brigada). Osnovan je velik broj četa i 43 komande mjesta. U NOV Hrvatske u Istri bilo je oko 20 tisuća boraca. Oni su s organima vlasti i drugim strukturama NIP-a omogućili da se u Pazinu, 25. rujna 1943. godine donese povijesna odluka o priključenju Istre matici Hrvatskoj. Oko 150 delegata, Hrvata i Talijana, iz svih krajeva Istre, na Istarskom saboru obrazovalo je Pokrajinski NOO za Istru, kao najviši organ narodne vlasti na tom području. Istarski sabor je s oduševljenjem potvrdio povijesni čin od 13. rujna 1943. kada je NOO za Istru objavio odluku o otcijepljenju Istre od Italije i njezinom pripojenju Hrvatskoj. Dana 20. rujna 1943. ZAVNOH je također donio odluku o priključenju Istre, Rijeke, Zadra, Cresa, Lošinja i Lastova Hrvatskoj, i to na temelju načela o samoopredjeljenju naroda garantirajući ravnopravnost talijanskoj narodnosti koja živi u tim krajevima.
Za vođenje ustaničkih snaga 14. rujna formiran je Štab hrvatsko-slovenskih partizanskih odreda. U Novom Vinodolskom donijeta je odluka da se za Istru osnuje posebna komanda – Operativni štab NOVH za Istru. U Klani je formiran Sušačko-kastavski odred u kojem je bio i talijanski bataljun „Garibaldi“. U južnom dijelu Istre, formirana je 24. rujna 1. istarska brigada „Vladimir Gortan“ – brojčano najveća u NOV Hrvatske – 3.000 boraca. Istog dana na fronti prema Kopru i Trstu, formirana je 2. istarska brigada. Na sjeveroistoku oko Učke formiran je 1. partizanski odred „Učka“, koji se spominje kao 3. istarska brigada. Krajem rujna formira se Puljanski ili 2. istarski partizanski odred i Pazinsko-porečki odred. Brigadama i odredima kao i drugim sastavima zapovijedao je Operativni štab za Istru. U Pazinu je formirana tenkovska četa, artiljerijska baterija i Glavna auto-komanda. Borbe su nastavljene, 1. brigada ratuje prema Puli, oslobodila je Rovinj i sve do Lovrana, osim Pule. Druga je brigada oslobodila Poreč, Buje, Umag, Novigrad, Savudriju, a u suradnji sa slovenskim jedinicama oslobođeni su Izola i Koper. Cijela je Istra slobodna, osim Pule.
Njemačka Vrhovna komanda, znajući što se događa u Istri i oko Trsta, a budući je Berlin odbacio Pavelićev zahtjev da u Istri uspostavi svoju vlast i dovede vojsku NDH (nikad u Istri nije došla vlast i vojska NDH, Hitler je to područje pripojio Trećem Reichu), a bojeći se mogućeg angloameričkog pomorskog desanta u sjevernoj Italiji i Istri, do crte Sušak, jugoslavensko-talijanska granica, organizirao je poseban Štab Grupe armija „A“, za čijeg je komandanta imenovan feldmaršal Ervin Rommel (u početku se mislilo taj štab uputiti u Grčku). On je u Slovensko primorje doveo svoj elitni 2. SS oklopni korpus (stigli s istočnog fronta) i krajem rujna započeo ofenzivu protiv tamošnjih slovenskih partizana. Potom je 2. listopada ofenzivu nastavio u Istri, jednu grupaciju prebacio je od Trsta prema Puli, a drugu od Trsta prema Rijeci. Angažirao je oko 50 tisuća njemačkih vojnika. Kroz Istru su nastupali njemački tenkovski sastavi, pješaštvo i 132. grenadirski puk. Ove je snage, prvi put u ratu protiv NOV Hrvatske njemačko zapovjedništvo kamufliralo, kao da je 2. oklopni korpus postao 1. oklopna armija, a pukovi su dobili nazive tenkovskih i grenadirskih divizija. Namjera je bila da se obmane saveznička komanda u Italiji.
Rommelova ofenziva ostavila je krv i pustoš po Istri, zločin rijetko zapisan u analima Drugog svjetskog rata. Oko 2.500 istarskih boraca je poginulo, a tisuće civila je ubijeno ili odvedeno u logore. Sve tri novoosnovane istarske brigade prestale su postojati
I pored svega toga, Narodnooslobodilački pokret u Istri brzo se oporavio. Prema odluci Pokrajinskog NOO Istre, u studenom 1943. godine otpočela je izgradnja oružanih snaga na poluotoku.
B. Mirosavljev